掃海艇は機雷に接近しても機雷が作動しないよう工夫がされている。昔から掃海艇は係維式の触発機雷に触雷しないように喫水が浅くなっている。また、喫水が浅いため航行により発生する水圧変化が小さく、これが水圧機雷に対して有効な対策となっている。
船が持つ磁気に反応する磁気機雷対策のために、掃海艇の船体は磁気を帯びない素材で作られる。船体の形状にもよるが、主に木や繊維強化プラスチック（FRP）などが使われている。木材に強化プラスチックのコーティングを施すなどして、両方を組み合わせることもある。船体材料については各国ごとに特徴がありドイツは非磁性鋼を、それ以外のヨーロッパ諸国はFRP製を、アメリカは木材にFRPのコーティングを施した材料を採用している。日本の海上自衛隊が保有するひらしま型までの掃海艇の船体は木製であったが、現在（2007年12月）計画中の20MSCからはFRP製の船体が採用されることとなった。また、船体磁気を打ち消すため各種磁界に即した消磁コイルを装備している艇もある。最近では、軽くて強度のあるカーボン製の船体が注目を集めている。海上自衛隊がペルシャ湾への掃海に派遣されたときは掃海艇は木造船も含まれていたが、この掃海艇の特殊性を理解していなかった一部の新聞で「木造の旧式船を派遣させるとは」との否定的意見が掲載されていた。
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音響機雷への対策としては主機、発電機等を防振ゴムの上に載せたり、天井から吊り下げた特殊な架台に載せたりして外部へ振動が伝わらないようにされている。